선사시대부터 1571년 스페인의 지배를 받기 이전까지의 시기를 고대 필리핀이라고 일컫는다. 필리핀의 초기 원주민 네그리토(Negrito)가 언제부터 필리핀 땅에 살기 시작했는지는 분명하지 않지만, 대체로 3만 년 전에 보르네오와 수마트라 등지로부터 이주해 들어와 정착한 것으로 보고 있다. 이후 기원 전후 시기에는 말레이폴리네시아어족의 유입이 시작되었다. 해안 지역에 살고 있던 네그리토인은 제철과 관개 기술을 가지고 있던 말레이계에 밀려 산악 지대로 들어가 살게 되었다.

이들 필리핀 원주민들은 산악과 섬으로 이루어진 지형적 여건에 따라 정착 과정에서 자생적으로 발생한 소규모 바랑가이(Barangay)를 단위로 생활했다. 바랑가이는 30가구~100가구 정도로 구성된 가족 중심의 부락공동체로, 다투(Datu)라는 우두머리를 두고 있었다. 각 바랑가이의 지배자격인 다투는 최고의 행정권자이자 입법가, 재판관, 군사 지휘자로 대부분의 권한을 쥐고 있었다. 그러나 고대 필리핀에서는 통일된 국가나 중앙정부가 성립되지는 않았다. 스페인이 정복할 당시의 필리핀 인구는 약 50만 명 정도로 추정된다.

14세기 이후에는 이슬람교도들이 무역을 통해 필리핀에 이슬람교를 전파하기 시작했다. 필리핀으로 이주해온 이슬람교도들은 술루(Sulu) 제도에서 민다나오(Mindanao) 섬 일대에 걸쳐 정착하여 이슬람 왕국을 세우고 이 일대의 무역을 통제하기도 했다. 16세기 중반에는 루손(Luzon) 섬 지역까지 이슬람교도들이 퍼져나갔으며, 술탄(Sultan) 또는 라자(Raja)에 의해 지배되는 소규모 영토의 국가가 건립되기도 했다. 또 송나라와 명나라의 상인들과도 교류가 있었는데, 특히 정화(鄭和)의 원정 당시 명나라는 60여 척의 배를 이끌고 세 차례에 걸쳐 필리핀을 정벌하기도 했다.

스페인의 필리핀 정복 필리핀의 역사에서 스페인 식민지 시대는 스페인이 필리핀을 정복한 1571년부터 미국·스페인 전쟁으로 필리핀에 대한 지배권이 미국으로 이양된 1898년까지의 시기를 말한다. 필리핀의 역사가 문자로 기록되기 시작한 것은 이 시기 이후부터이다. 필리핀을 처음으로 유럽에 알린 사람은 스페인 왕실의 지원을 받아 세계 일주에 나선 포르투갈의 항해가 마젤란(Ferdinand Magellan)이었다.

마젤란이 1521년 필리핀의 사마르(Samar) 섬에 상륙한 이래 스페인은 수 차례에 걸친 원정 끝에 1571년에 마침내 필리핀을 정복했다. 그리고 이 섬나라의 국명을 당시 스페인의 국왕이던 펠리페 2세(Felipe II)의 이름을 따서 필리핀(Philippines)으로 정하고, 마닐라에 총독을 두어 이후 327년간이나 지속되는 식민 지배를 시작하게 된다. 그러나 이 식민 지배는 스페인이 직접 통치하는 방식이 아닌 멕시코 총독을 통한 간접 통치 방식을 취하고 있었다.

19세기에 접어들면서 스페인의 식민지 정책이 유화적으로 변하는 조짐이 보이자 외세에 반대하는 필리핀 민중의 민족주의 정신이 결집되기 시작했다. 1860년에 스페인에서 내란이 발생하자 필리핀에서도 스페인에 대한 저항운동이 나타났다. 1892년에는 ‘필리핀민족동맹(La Liga Filipina)’이 조직되어 사회개혁을 시도했으며, 비밀결사조직 ‘카티푸난(Katipunan)’의 무장봉기도 일어났다. 나아가 1896년부터 무장 독립운동을 전개한 필리핀의 독립운동지도자 에밀리오 아기날도(Emilio Aguinaldo, 1869~1964) 장군은 미국·스페인 전쟁에서 스페인이 패배하자 1898년 6월 12일 필리핀의 독립을 선언하고 초대 대통령에 취임했다.

미국·스페인 강화조약필리핀의 역사에서 미국 식민지 시대는 미국-스페인 전쟁 후 체결된 미국·스페인 강화조약으로 필리핀에 대한 지배권이 스페인에서 미국으로 넘어간 1898년부터 필리핀이 미국의 지배에서 벗어나 독립을 선포한 1946년까지의 시기를 말한다. 미국은 미국-스페인 전쟁으로 필리핀 독립을 돕기 위해 스페인을 패퇴시키고도 1898년 12월 10일 파리조약에서 2000만 달러에 필리핀 지배권을 넘겨받는다. 이렇게 하여 필리핀은 스페인 식민지에서 다시 미국의 식민지로 넘겨지는 처지가 되었다.

필리핀의 독립운동지도자 에밀리오 아기날도(Emilio Aguinaldo) 장군은 필리핀의 독립을 선포하고 대통령에 취임했으나 미국은 필리핀 점령을 위해 지상군을 파견하여 극렬하게 저항하는 필리핀인 60만 명을 학살했다. 당시 필리핀 주둔 미군 사령관이 아서 맥아더 주니어(Arthur MacArthur, Jr., 1845~1912)로, 그의 셋째 아들은 1945년 8월 일본을 항복시키고 일본 점령군 최고사령관을 지낸 후 한국전쟁 때는 UN군 최고사령관으로 인천상륙작전을 지휘했던 더글러스 맥아더(Douglas MacArthur, 1880~1964)이다. 아기날도가 이끄는 무장 독립운동은 1899년부터 1901년까지 계속되었으나 1901년 3월 아기날도 체포를 기점으로 점차 소멸되었다.

점진적인 자치 허용미국의 지배 아래에서 필리핀의 정치 및 행정 체계는 급속한 변화를 맞이하게 되는데, 1907년에는 최초의 의회선거가 실시되었고, 1916년에는 양원제 의회가 도입되었다. 1934년에는 미국 의회가 타이딩스-맥더피법(Tydings-McDuffie Act)을 통과시킴으로써 10년 후 필리핀의 완전 독립을 보장받기도 했다. 1935년 11월 15일에는 마누엘 루이스 케손(Manuel Luis Quezon, 1878~1944) 대통령의 자치정부(Commonwealth of the Philippines)가 수립되어 미 자치령 정부, 즉 독립 과도정부가 출범하게 되었다.

제2차 세계대전이 한창이던 1942년 1월, 일본군이 마닐라를 점령했다. 이어 5월에는 코레히도르(Corregidor) 섬이 일본군에 점령되었고, 필리핀 주둔 미군이 일본군에 항복하기에 이르렀다. 이렇게 하여 필리핀은 일본의 통치 아래에 놓이게 되었다. 1943년 10월 14일, 필리핀에는 조제 파치아노 라우렐(José Paciano Laurel, 1891~1959)이 이끄는 괴뢰정부가 수립되었는데, 바로 필리핀의 제2공화국이 출범한 것이었다.

그러나 1944년 10월 20일, 더글러스 맥아더(Douglas MacArthur) 장군이 레이테(Leyte) 섬에 진주하면서 필리핀 영토 내에서 미국과 일본 간의 전면전이 시작되었다. 자국 영토 안에서 벌어진 미국과 일본의 전투로 인해 마닐라는 도시의 대부분이 파괴되었고 100만 명 이상의 필리핀인이 목숨을 잃었다.

1945년 2월, 미군이 다시 마닐라를 점령하면서 미국의 자치령 정부가 부활하게 되었다. 맥아더 장군은 1945년 2월 3일, 세르히오 오스메냐(Sergio S. Osmeña, 1878~1961) 대통령에게 자치정부를 이양했다. 1946년 7월 4일, 마침내 필리핀은 미국으로부터 독립하고 제3공화국을 출범시켰다. 독립국가 필리핀 공화국의 초대 대통령에는 마누엘 로하스(Manuel Roxas, 1892~1948)가 당선되었으나 로하스 대통령은 1948년 재임 중 사망했다.